Pour retracer l'histoire du canyoning, on peut remonter jusqu'au temps où l'exploration des canyons, grottes et gorges était effectuée par les chasseurs et pêcheurs simplement à la recherche de nourriture.
A l'époque, aucun matériel spécifique n'existait, contrairement aux équipements développés aujourd'hui pour accéder aux canyons.
Ces lieux attirent et effrayent les gens depuis longtemps déjà , suite aux différents mythes et légendes qui se tiennent souvent dans des espaces comme les canyons et grottes.
Les premières vraies explorations ont été réalisées par des spéléologues vers la fin du 19ème, début du 20 ème siècle. En effet, en 1888, Edouard Alfred MARTEL effectue la descente d'une rivière souterraine puis en 1893, Armand JAMET explore le canyon Artuby et le Verdon. A cette époque, ils utilisent encore des échelles et des barques pour se déplacer.
Par la suite, Lucien BRIET, en 1904, explore la Sierra Guara et ses canyons, et rapporte des souvenirs en image de ces expéditions.
En 1905, MARTEL et JAMET réalisent la descente du grand canyon du Verdon au complet, avant d'effectuer l'année suivante la descente de la Clue de Daluis.
Ce sont les premiers à faire avancer le monde du canyoning grâce à leurs explorations !
Plus tard, dans les années 1970 – 1980, le canyoning devient un sport de plein air plus populaire, notamment suite au développement du matériel, mais aussi avec l'apparition de topoguide de canyons. Les pratiquants se multiplient dans cette discipline qu'est le canyoning.
En 1990, la Fédération Française de Spéléologie et la Fédération Française de la Montagne et de l'Escalade aide à organiser des formations professionnalisantes pour les pratiquants de canyoning. La pratique guidée du canyoning, encadrée par un guide spécialisé, se développe.
Enfin plus récemment, en 2010, les deux fédérations françaises signent avec la Fédération des clubs alpins et de montagne, une convention inter-fédérale pour encadrer la discipline.